Shopify管理画面で処理（実売上処理・金額変更・出荷登録・キャンセル等）される前に
イプシロン管理画面で処理されていないでしょうか。
上記の場合、既にイプシロン上で処理した取引に対して、同じ処理を行うためエラーが発生しステータス相違が生じている状況と存じます。

つきましては、Shopify管理画面より「支払い済みをマークする」を選択いただくようお願いします。