はい、可能です。イプシロン管理画面の「振替依頼済みデータの確認」画面より金額変更処理を行うことが可能です。

【金額変更可能な期日】
振替依頼日より9営業日前の12:00まで
振替指定日ごとの期日を確認したい場合は口座振替カレンダーをご参照ください。
※変更可能な金額は2円～1,000万円までとなります(増額・減額ともに）。

振替依頼済みデータの確認画面はこちら
金額変更方法はこちら