いいえ、連動されません。
クレジットカード決済の金額変更は、カラーミーショップ管理画面で処理後、イプシロンの管理画面にて金額変更処理を行っていただく必要があります。

クレジットカード決済の金額変更はこちら
操作方法はこちらをご参照ください。